El Colegio Alemán cuenta actualmente con una Junta Directiva conformada por siete miembros, en su mayoría egresados, que son elegidos democráticamente por la Asamblea General para un período de tres años y que trabajan voluntariamente, con dedicación y compromiso, para su colegio.

Los colegios alemanes en el extranjero son un proyecto de asociación público-privada; el Rector es empleado del Gobierno Alemán y representa al sector público alemán, mientras que la Junta Directiva representa la parte privada colombiana de la corporación escolar.

La Junta Directiva es el máximo órgano de gobierno dentro de la organización. Sus principales responsabilidades son: definir la ruta que desarrollará la institución, llevar el control presupuestal y tomar decisiones estratégicas en cooperación y concertación con la Rectoría y la Dirección Administrativa y Financiera, con el fin de alcanzar las metas trazadas en la misión y la visión.